上海有機(jī)所交叉中心開發(fā)靶向帕金森病α-syn病理聚集體無序結(jié)構(gòu)區(qū)的抑制劑

文章來源:上海有機(jī)化學(xué)研究所  |  發(fā)布時(shí)間:2024-10-10  |  【打印】 【關(guān)閉

  

α-突觸核蛋白(α-synuclein,α-syn)的淀粉樣相變聚集是帕金森?。≒arkinson’s disease,PD)的核心病理特征之一。α-Syn病理性聚集體能夠在神經(jīng)元之間傳播,破壞細(xì)胞內(nèi)的蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài),干擾自噬途徑,并誘導(dǎo)神經(jīng)炎癥與細(xì)胞死亡。近年來,劉聰課題組參與發(fā)現(xiàn)了多個(gè)關(guān)鍵蛋白(如膜受體LAG3、APLP1和RAGE,以及自噬關(guān)鍵蛋白LC3B等)通過特異性結(jié)合α-syn病理聚集體介導(dǎo)了這些不同的病理過程1-3。此外,研究鑒定出α-syn聚集體的C末端以無序結(jié)構(gòu)狀態(tài)覆蓋在病理纖維聚集體的表面,成為纖維聚集體與不同蛋白識(shí)別結(jié)合的關(guān)鍵區(qū)域1,4,5。因此,發(fā)展小分子靶向C末端無序區(qū),阻斷α-syn病理聚集體與相應(yīng)受體蛋白的互作,有望為PD藥物研發(fā)和治療提供潛在的新方向。

近日,中國科學(xué)院上海有機(jī)化學(xué)研究所生物與化學(xué)交叉研究中心劉聰研究員、譚立研究員與中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)項(xiàng)晟祺教授合作,在Journal of the American Chemical Society發(fā)表了題為“Inhibitor Development for α?Synuclein Fibril’s Disordered Region to Alleviate Parkinson’s Disease Pathology”的研究文章。該研究通過高通量篩選與理性設(shè)計(jì),首次發(fā)現(xiàn)了能夠結(jié)合α-syn病理纖維C末端關(guān)鍵無序區(qū)的活性小分子Givinostat(GS)及其衍生物。相應(yīng)的活性小分子能有效阻斷病理纖維與LAG3和RAGE等關(guān)鍵受體的相互作用,并抑制α-syn纖維在神經(jīng)元中的病理性傳播及其促炎癥效應(yīng)。候選化合物展現(xiàn)出良好的臨床應(yīng)用潛力,為PD的治療提供了全新策略。

圖1.高通量篩選鑒定Givinostat(GS)分子能夠阻斷α-syn纖維與受體的結(jié)合

在本研究中,研究人員首先建立了基于酶聯(lián)免疫吸附實(shí)驗(yàn)(ELISA)的高通量篩選方法,旨在尋找能夠阻斷α-syn病理纖維C末端關(guān)鍵無序區(qū)與受體結(jié)合的小分子抑制劑(圖1a)。通過該方法,Givinostat(GS)被篩選為主要候選分子(圖1b-c),進(jìn)一步的活性驗(yàn)證表明,GS能夠有效抑制α-syn C末端無序區(qū)與LAG3和RAGE受體的直接相互作用(圖1d-e)。

研究人員進(jìn)一步開展了結(jié)構(gòu)-活性關(guān)系研究(SAR)。首先,對GS的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)單元進(jìn)行了系統(tǒng)優(yōu)化,GS的結(jié)構(gòu)主要由兩部分組成:(1)鋅結(jié)合的異羥肟酸基團(tuán),(2)增強(qiáng)選擇性的功能基團(tuán)(圖2)。在優(yōu)化過程中,GS被分為A-E五個(gè)部分,并逐步進(jìn)行調(diào)整。最初嘗試替換E部分的異羥肟酸基團(tuán)或?qū)ζ溥M(jìn)行修飾,但這些改動(dòng)均導(dǎo)致分子活性喪失或大幅下降,進(jìn)一步確認(rèn)了異羥肟酸基團(tuán)的關(guān)鍵作用。然而,對其位置的調(diào)整(如meta位類似物)成功保留了活性,同時(shí)降低了毒性。D部分引入給電子/吸電子基團(tuán)未顯著改變活性,但C部分的改造表明,用脲基替換氨基甲酰鍵可提高化學(xué)穩(wěn)定性。最終,通過對B和A部分的進(jìn)一步修飾,優(yōu)化出了如GSD-16-24等具有更強(qiáng)抑制效果的化合物,并顯著降低了其對神經(jīng)元的毒性。

圖2. 通過結(jié)構(gòu)-活性關(guān)系研究(SAR)設(shè)計(jì)GS的系列衍生物。

在機(jī)制研究中,研究人員首先通過等溫滴定量熱法(ITC)發(fā)現(xiàn),GS及其衍生物GSD-16-24直接作用于α-syn纖維的C末端無序區(qū)域,而非作用于LAG3和RAGE受體。隨后,研究人員通過液態(tài)核磁共振、固態(tài)核磁共振及冷凍電鏡等技術(shù),進(jìn)一步揭示了GSD-16-24與α-syn纖維C末端無序區(qū)域中具體的氨基酸相互作用位點(diǎn),并發(fā)現(xiàn)這些結(jié)合位點(diǎn)與α-syn纖維結(jié)合受體的位點(diǎn)高度重合,表明GSD-16-24通過與受體直接競爭發(fā)揮抑制作用(圖3)。細(xì)胞實(shí)驗(yàn)表明,GSD-16-24能夠有效阻止α-syn纖維與原代皮層神經(jīng)元及BV2細(xì)胞的結(jié)合,從而抑制纖維在神經(jīng)元中的傳播及其促炎癥效應(yīng)。

圖3. 通過冷凍電鏡和固態(tài)NMR等實(shí)驗(yàn)確定GSD-16-24結(jié)合于α-syn纖維的C末端無序區(qū)域。

綜上所述,本研究首次實(shí)現(xiàn)了特異性靶向α-syn病理纖維核心外圍無序結(jié)構(gòu)區(qū)的小分子化合物的設(shè)計(jì)和研發(fā),并通過活性分子阻斷α-syn病理纖維與神經(jīng)元及小膠質(zhì)細(xì)胞膜受體的結(jié)合,有效抑制纖維的傳播和神經(jīng)炎癥活性。這一研究為靶向病理蛋白無序區(qū)的小分子抑制劑的設(shè)計(jì)與研發(fā)奠定了基礎(chǔ),并為開發(fā)具有帕金森病治療潛力的小分子藥物提供了新的思路。

上海交通大學(xué)Bio-X研究院研究生章沈慶、陶友琦博士及中國科學(xué)院上海有機(jī)化學(xué)研究所生物與化學(xué)交叉研究中心博士生項(xiàng)淮江,以及中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院李娟博士為該論文的共同第一作者。劉聰研究員、譚立研究員與項(xiàng)晟祺教授為共同通訊作者。本項(xiàng)目得到了國家自然科學(xué)基金委、中國科學(xué)院及上海市科委的支持。

原文鏈接:https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/jacs.4c08869

參考文獻(xiàn):

1 Zhang,S. et al. Mechanistic basis for receptor-mediated pathological α-synuclein fibril cell-to-cell transmission in Parkinson's disease. Proc Natl Acad Sci U S A118 (2021). https://doi.org:10.1073/pnas.2011196118

2 Long,H. et al. Interaction of RAGE with α-synuclein fibrils mediates inflammatory response of microglia. Cell Rep40,111401 (2022). https://doi.org:10.1016/j.celrep.2022.111401

3 Xu,Q. et al. α-Synuclein amyloid fibril directly binds to LC3B and suppresses SQSTM1/p62-mediated selective autophagy. Cell Res (2024). https:// doi: 10.1038/s41422-024-01022-2

4 Li,Y. et al. Amyloid fibril structure of α-synuclein determined by cryo-electron microscopy. Cell Res28,897-903 (2018). https://doi.org:10.1038/s41422-018-0075-x

5 Zhang,S. et al. Conformational Dynamics of an α-Synuclein Fibril upon Receptor Binding Revealed by Insensitive Nuclei Enhanced by Polarization Transfer-Based Solid-State Nuclear Magnetic Resonance and Cryo-Electron Microscopy. J Am Chem Soc145,4473-4484 (2023). https://doi.org:10.1021/jacs.2c10854